En Kimi to Aoi Yoru no los propios lectores asumen el papel de los personajes de la historia y la interpretan a través de un sitio web complementario. La historia comienza tres semanas después de la misteriosa desaparición de Rino Tsunamoto, una chica de instituto, cuando cuatro compañeros se reúnen en secreto por la noche en el instituto para intentar resolver el caso. Los lectores asumen el papel de estos cuatro estudiantes de instituto mientras intentan llegar al fondo del "Caso de la desaparición de Rino".