Es el año 21XX, el científico Repliroid, Dr. Doppler, ha encontrado una cura al fenómeno Irregular. Para ello ha construido la ciudad utopía, Doppeltown, para asegurar la convivencia pacífica entre Repliroid y humanos. Sin embargo, Doppler se ha vuelto un Irregular y amenaza la vida del Dr. Cain. Rockman X y Zero deben unir sus fuerzas para resolver este nuevo incidente.