La heroína, Ruka, a quien se le prohibió participar en las actividades de su club durante las vacaciones de verano, conoce a un chico extraño llamado Umi. Ella está fascinada por Umi, a quien ve nadando libremente en un acuario, y descubre que él, junto con Sora, fue criado por un dugong, un ser marino tan antiguo como el mar mismo. En ese momento, un meteorito cayó al mar y todos los peces desaparecieron del mundo. El misterio del mar se profundiza y la historia se extiende para abarcar la vida en la tierra.